妙雲集

1. 般若經講記
2. 中觀今論
3. 淨土與禪
4. 寶積經講記
5. 唯識學探源
6. 青年之佛教
7. 勝鬘經講記
8. 性空學探源
9. 我之宗教觀
10. 藥師經講記
11. 成佛之道(增註本)
12. 無諍之辯
13. 中觀論頌講記
14. 太虛大師年譜
15. 教制教典與教學
16. 攝大乘論講記
17. 佛在人間
18. 佛教史地考論
19. 大乘起信論講記
20. 學佛三要
21. 華雨香雲
22. 佛法概論
23. 以佛法研究佛法
24. 平凡的一生(增訂本)
25. 佛法是救世之光

1. 華雨集(一)
2. 華雨集(二)
3. 華雨集(三)
4. 華雨集(四)
5. 華雨集(五)

其他專門研究

1. 印度之佛教
2. 印度佛教思想史
3. 原始佛教聖典之集成
4. 說一切有部為主的論師與論書之研究
5. 初期大乘佛教之起源與開展
6. 空之探究
7. 如來藏之研究
8. 中國禪宗史
9. 雜阿含經部類之整編
10. 雜阿含經論會編(上)
11. 雜阿含經論會編(中)
12. 雜阿含經論會編(下)